Mit Verhaftungen und Kriegsdienst der Pfarrer kam auf die Pfarrfrauen neue Arbeit zu. Sie übernahmen zusätzliche Aufgaben in den Gemeinden, beispielsweise beim Unterricht der Konfirmand*innen. Waren die Ehemänner in Haft, mussten ihre Frauen neben ihren Pflichten in Familien und Gemeinden auch die Betreuung der Gefangenen organisieren. Else Niemöller durfte ihren Mann ab und zu besuchen. Beide wechselten regelmäßig Briefe, in denen sie auch strittige Fragen diskutierten.
Vor Beginn des Prozesses gegen die Dozenten der verbotenen Kirchlichen Hochschule lud die BK die betroffenen Pfarrfrauen zu einem gemeinsamen Fürbittgottesdienst am 9. Dezember 1941 in Dahlem ein.